（2）水源熱泵空調系統的熱交換對象為地下水，地下水的水質和水量是該系統能否正常工作的的先決條件。青島中央凈水公司認為即使在使用開始階段，系統的出力能夠滿足設計要求。而隨著該套系統使用年數的增加，地下水量與水質的變化情況直接制約著該套系統能否達到起初使用時的設計參數。地下水位、水質、水量等條件的變化受當地氣候、地質、水文、氣候等多種自然條件的制約。同時，水源熱泵的使用也會對當地地下水的質量產生影響。所以，大型建筑中采用水源熱泵做為空調方式，其穩定性和可靠性是難以得到保障的。

（3）水源熱泵空調系統所使用的地下水的回灌率不可能為99.99%，并且回灌的水也極難回灌至和抽水層相同的地下水層面去，而且運行的時間越長，回灌率越低。大型建筑物水源熱泵空調系統中，需要的用于熱交換的地下水量很大，將這么大量的地下水抽上來，再回灌到同抽上來前同一水位上的難度是巨大的，原因抽水的速率主要是依賴水泵的機械作用將地下水提升，而回灌則主要依靠水與土壤之間的滲析，即使回灌時采用空壓機等機械外力，兩者的速率也不可能相等。久而久之，抽水處與回灌處地層的含水量則會出現變化，兩處的地下水位線將出現一個落差，這種落差將會影響到地下水循環系統和地表層結構，將會引起地表下陷（上海地區正是由于過度的開采和使用地下水，導致地表下陷，現在外灘處的地表已經底于黃浦江的水位線，“上海大廈”門廳處的階梯已經完全陷入了地下）。嚴重的甚至會導致建筑物的傾斜，墻體開裂等問題。

（4）深達幾百米的地下水管路在抽出地下水時難免會有損失，同時也無法保障回灌的水沒有受到絲毫污染，而且管道的腐蝕、水泵工作產生的雜質、水處理設備中的化學成分也會對地下水構成污染，地下水資源是整個地球的水循環中的關鍵一環。水源熱泵的空調系統將給地下水資源的衛生狀況帶來副面影響。